Pemimpin masyarakat peneroka bebas mengadu kepada London mengenai dasar Macquarie, dan pada tahun 1819 kerajaan melantik hakim Inggeris, John Bigge, untuk melawat New South Wales dan melaporkan pentadbirannya. Bigge secara umumnya bersetuju dengan kritikan peneroka, dan laporan di atas tanah jajahan membawa kepada peletakan jawatan Macquarie pada tahun 1821; dia telah, bagaimanapun, berkhidmat lebih lama daripada mana-mana gabenor lain. Bigge juga mengesyorkan bahawa tiada lagi gabenor perlu dibenarkan untuk memerintah sebagai autokrat, dan pada tahun 1824 Majlis Mesyuarat Negara New South Wales, badan perundangan pertama di Australia, telah dilantik untuk menasihati gabenor.[43]

Macquarie kembali ke Scotland, dan meninggal dunia di London pada tahun 1824 ketika sibuk membela dirinya terhadap tuduhan Bigge. Tetapi reputasi beliau terus berkembang selepas kematiannya, terutamanya di kalangan emansipis dan keturunan mereka, yang merupakan majoriti penduduk Australia sehingga kerubut emas. Hari ini beliau dianggap oleh ramai sebagai gabenor awal yang paling berpengetahuan dan progresif yang berusaha untuk menubuhkan Australia sebagai sebuah negara, bukan sebagai sebuah kem penjara.[44]

Ahli sejarah Australia aliran nasionalis telah menganggap beliau sebagai wira proto-nasionalis. Macquarie secara rasmi menerima pakai nama Australia bagi benua itu, nama yang sebelum itu dicadangkan oleh pelayar keliling pertama Australia, Matthew Flinders. Serta banyak ciri-ciri geografi dinamakan sempena nama beliau dalam hidup beliau, beliau diperingati oleh Macquarie University di Sydney.

Macquarie dikuburkan di Isle of Mull di makam jauh dengan isterinya, anak perempuan dan anak. Kuburnya di Mull diselenggarakan oleh Amanah Negara Australia dan tertulis "Bapa Australia".[45]